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Zirkonium wird hauptsächlich in Form von Zirkoniumverbindungen eingesetzt wie beispielsweise Zirkon, welches für Kernenergieanwendungen genutzt wird, da es ein schlechter Neuronenabsorber ist. Zirkonium wird genutzt für die Herstellung von Katalysatoren, Zünd-/Sprengkapseln, Ziegeln, Labor- und Schmelzziegeln und abrasionsfesten Werkstoffen, da z. B. Zirkoniumoxid mit einer Schmelztemperatur von 3000°C sehr hitzebeständig ist.
Zirkonium und seine Salze haben im Allgemeinen eine geringe Toxizität auf den menschlichen Organismus. Zirkonium 95 ist eines der Radionuklide, die bei der atmosphärischen Prüfung der Kernwaffen zugegen waren. Es gehört zu den langlebigen Radionukliden, die ein erhöhtes Krebsrisiko verursachten und noch in Zukunft über Jahrzehnte und kommende Jahrhunderte krebsgefährlich sein werden.
Zirkonium stellt keine bekannte Gefahr für die Umwelt dar.
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